Une enquête a été ouverte pour "violences" après deux épisodes marquants : une bagarre entre supporters et joueurs à la fin de l'échauffement, puis la brouille entre Anthony Lopes et le responsable de la sécurité du stade Armand-Césari, ponctuée par les coups de pied donnés par un stadier à Jean-Philippe Mateta. Jean-Michel Aulas a d'ailleurs prévenu qu'il portait plainte contre l'adversaire de son gardien de but après l'avoir identifié.
"Ce n’est pas l’image que l’on a envie d’avoir pour le foot en général et français en particulier. C’est scandaleux, indigne. C’est irresponsable. Je me souviens des propos de l’entraîneur corse après le match aller à Lyon. C’est pitoyable", a réagi Thierry Braillard à chaud.
Le secrétaire d'Etat aux Sports, très attaché à l'OL, a estimé qu'il était temps de tout chambouler : "Il faut qu’on revoie les méthodes de palpations à l’entrée du stade. Il n’est pas normal que pour la finale de Coupe de la Ligue il y ait eu autant de fumigènes qui soient rentrés dans le stade. Il n’est pas normal que pour OL-Besiktas, on ait pu avoir des jets de pétard qui ont brulé des supporters. Il n’est pas normal de voir des stadiers qui frappent des joueurs. Il semblerait qu’au moment où on parle, les joueurs lyonnais ne puissent pas quitter le stade (ils étaient confinés pour éviter que leur bus ne soit attaqué sur le chemin de l'aéroport ndlr). C’est quasiment une prise d’otage".